神兽作为稀有且强大的宝可梦，分布在不同地点且需要特定条件才能触发捕捉。它们的出现位置大多有规律可循，经典的神兽如三圣鸟和超梦都在固定的地点等待玩家探索，而部分神兽的出现则与游戏主线进度或特定任务完成情况强关联。
三大经典神兽火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟的位置最为明确。火焰鸟位于1号岛的灯火山山顶，到达山顶即可遭遇。闪电鸟藏在无人发电厂的最深处，进入发电厂后沿着左边墙走能快速找到。急冻鸟则需要前往双子岛，在最深处通过推岩石堵住瀑布水流，才能进入隐藏山洞见到它。这三只传说鸟类的等级均为50级。超梦作为剧情核心神兽，位于华蓝洞窟的最底层，到达该区域需要先掌握冲浪和攀瀑技能。
除了上述神兽，游戏里还分布着其他传奇宝可梦。洛奇亚位于第八座彩虹岛的右下角海域，等级高达70级。凤凰则出现在第八座彩虹岛的左上方，同样是70级。梦幻出现在红莲岛拿取秘密钥匙的特定建筑物内。雪拉比藏在3号岛左侧的森林中。迪奥西斯需要在第九座彩虹岛上完成拼图后才会出现。
部分神兽的栖息地相对集中或需要留意特殊机制。例如在双子岛，除了急冻鸟，滑冰场对面还会随机刷出冰神柱，玩家在滑冰时撞到石头停下后就有可能看见。在无人发电厂，除了闪电鸟，还有机会遇到钢神柱。而在1号岛的火焰山，除了山顶的火焰鸟，其地下还隐藏着地面系的神兽古拉顿。幽灵塔的顶楼则栖息着吉拉奇，需要通过层层关卡才能到达。
将目标神兽的血量削弱至红色状态，并对其施加睡眠或麻痹等异常状态，这能显著提升捕捉成功率。针对不同属性的神兽，携带克制其属性的宝可梦对战会更加有利，例如对抗火焰鸟建议使用水系或岩石系，对抗闪电鸟则惧怕地面系攻击。出发前务必携带足够的高级球、计时球等精灵球，并注意随时保存游戏进度以防捕捉失败。
