三圣鸟分布在无人发电厂、双子岛与一之岛灯火山，超梦藏于华蓝洞窟，通关后还能在关东全域随机遇见三圣兽，特殊岛屿还能遇见凤王、洛奇亚与代欧奇希斯，所有神兽都有固定触发条件与行进路线，按照路线行进即可顺利找到目标。三圣鸟是前期最容易找到的传说宝可梦，闪电鸟位于十号道路东侧的无人发电厂内部深处，只需要掌握冲浪术就能抵达洞穴入口，沿着墙体向内推进，避开沿途野生精灵就能直接触发对战，不需要破解复杂机关。急冻鸟藏身于二十号水道的双子岛底层，队伍必须同时掌握冲浪与怪力，进入洞窟后要把岩石推入地洞阻断地下水流，消除洋流阻碍后才能抵达神兽所在平台，洞内冰面容易打滑，携带闪光术可以看清完整地形，避免来回绕路。火焰鸟需要解锁七岛航线，乘船抵达一之岛后前往灯火山，一路清理岩石障碍登顶，山顶固定刷新这只火系传说宝可梦，队伍准备水系与岩石系输出可以稳定压低血量，防止神兽被直接击败。
超梦的解锁门槛更高，需要先击败四天王完成一周目主线，收集六十只宝可梦升级全国图鉴，再打通七岛的红宝石与蓝宝石支线任务，完成全部剧情后华蓝洞窟的入口才会开放。洞窟坐落在华蓝市北侧水域，抵达入口需要冲浪、攀瀑、怪力多项秘传技能，洞内漆黑且岔路繁多，开启闪光术能大幅减少迷路概率。超梦出现在洞窟最底层平台，等级与输出能力极强，还会不断使用自我再生恢复血量，抓捕前要提前存档，先用催眠或者麻痹技能封锁行动，慢慢把血量压制到红色区间，大量准备高级球与时间球，谨慎使用唯一的大师球，避免失手将神兽击杀。
三圣兽的刷新机制和定点神兽完全不同，通关联盟进入名人堂之后才会开启全域游走机制，初始选择的御三家会决定最终遇见的神兽，选择妙蛙种子会在野外遇见炎帝，选择杰尼龟对应雷公，选择小火龙只能遇到水君。三只神兽会在整个关东地区的草丛来回切换位置，每次切换城镇都会重置刷新点位，抓捕时必须携带拥有黑色目光或者踩影特性的宝可梦，封锁逃跑指令，不然神兽开局就会直接脱离战斗。在城镇之间反复穿梭草丛，搭配黄金喷雾减少普通野生精灵干扰，反复来回巡查道路草丛，就能大幅提升偶遇概率，同样需要控制血量并附加异常状态，提升捕捉成功率。
额外的传说宝可梦需要特殊船票才能抵达对应岛屿，持有神秘船票可以前往肚脐岩，山顶能够遇见凤王，洞窟深处可以找到洛奇亚，持有极光船票进入诞生之岛，沿着最短路线反复调查陨石，就能触发代欧奇希斯的对战。所有定点神兽都只刷新一次，一旦被打倒就无法再次遇见，无论寻找哪一只传说宝可梦，都要在触发战斗前保存进度，同时备好足够的状态药与捕捉球，把血量控制妥当再投球，大幅提升收服成功率，完整集齐全部神兽。
